Území dnešní Indonésie se rozprostírá na souostroví 17 508 ostrovů, z nichž přibližně 6000 je obývaných. Souostroví se táhne podél rovníku v jihovýchodní Asii. Vykopávky dokládají, že na ostrově Java se lidé vyskytovali již v období před dvěma milióny let. Tito lidé zvaní "lidé javanský" se na dnešní ostrov Java dostali po pevnině z Asie. Až stoupající voda oceánů z tohoto území vytvořila ostrov. Dnešní Indonésané jsou potomky protomalajských migrantů, stejně jako Filipínci a Malajci, kteří osídlili souostroví v období asi 4000 let před naším letopočtem. Kolem roku 1000 před n.l. do oblasti proniká kultura Dongson pocházející z jižní Číny a Vietnamu. S příchodem této kultury se zavádějí techniky zavlažování rýžových polí, tkaní ikatu ale i praktikování obětování buvolů či vztyčování megalitů. První obyvatelé byli animisté. Animismus - víra v existenci nadpřirozených bytostí a sil, projevující se ve všech předmětech a jevech působících na člověka. Animisté také věří v posmrtný život.
Kolem 1. stol. n.l. začínají na ostrově Java vznikat první království. Jejich vznik se pojí s počátkem používání zavlažovaných rýžových polí, která vyžadovala spolupráci většího počtu lidí. Z období kolem 300 let n.l. pocházejí nejstarší památky hinduistické nacházející se na ostrovech Sulawesi a Sumatra. Hinduismus a budhismums mohl být do oblasti dnešní Indonésie rozšířen obchodníky z jižní Indie. Ti skrze Indonésii obchodovali také s Čínou.
V sedmém století se na Sumatře začalo formovat hinduisticko buddhistické království Srivijaya. Strategická poloha u Malackého průlivu umožnila Srivijaya království kontrolovat námořní cesty a bohatnout z obchodu. Obchodníci z Arábie, Persie a Indie přiváželi své zboží, které zde směňovali za produkty přivážené z Číny. V osmém až desátém století našeho letopočtu na centrální Jávě prosperovala dynastie Sailendra a její stát nazývaný Mataram. Tato dynastie byla založena na zemědělství. O její existenci dodnes svědčí památky jako nejvýznamnější buddhistická stavba Borobudur a hinduistický chrámový komplex Prambanan.
Na konci třináctého století se za dramatických okolností na východní Jávě zrodilo nejvýznamnější království indonéské historie Majapahit, které později indonéští patrioti považovali za symbol velikosti země, o jejichž nezávislost usilovali. Na začátku čtrnáctého století zaujímal Majapahit pouze nepříliš rozsáhlé území na východní Jávě, postupnou expanzí Gajah Mada ovládl rozsáhlou oblast nazývanou Nusantara, která kromě téměř celé dnešní Indonésie zahrnovala většinu Malajského poloostrova.
První zmínky o muslimské populaci vyskytující se na severní Sumatře pocházejí z jedenáctého století. Ale až ve třináctém století začíná mít islám výraznější vliv. Také islám do Indonésie přišel s obchodníky. Během patnáctého a šestnáctého století místní vládcové přijímají islám jako hlavní oficiální náboženství. To se tak stává nejvýznamnějším v celé Indonésii. Místní vládcové v islámu viděli oporu proti portugalským snahám o katolizaci země. Nové náboženství se zejména na Jávě smísilo s již existujícími vírami a vytvořilo umírněnější verzi islámu.
Pravděpodobně mezi prvními Evropany, kteří spatřili dnešní Indonésii, byli Marko Polo, misionáři a dobrodruzi. Vedle nich přišli v roce 1512 také Portugalci, kteří chtěli ovládnout obchod s kořením. Jejich kruté chování je činilo velice neoblíbenými. Portugalce záhy následovaly lodě Španělů, Angličanů a Holanďanů. Nově založený přístav Banten na západní Jávě začal konkurovat obchodnímu centru v Malace.
Iniciativu převzali právě Holanďané, kteří položili základ dnešní Indonésii. V roce 1602 byla založena Holandská Východoindická společnost (VOC). Společnost získala výhradní práva na obchod a správu nad rozsáhlým územím sahajícím od mysu Dobré naděje po Šalamounovy ostrovy. Již v roce 1641 převzala moc i nad přístavem Malaka. Z původně obchodní společnosti se postupně stala koloniální moc ovládající formálně samostatná království. Společnost měla v armádě pouze 1000 Evropanů a 2000 Asiatů. Přesto dokázala zamezit bojům mezi jednotlivými královstvími. V důsledku holandsko-britské války v roce 1780 ztratila VOC svůj obchodní monopol a v roce 1799 zrušena. Nový guvernér Johannes van den Bosch zavedl politiku "Culture system" - zemědělci museli na 20% své půdy pěstovat vládou vlastněné plodiny nebo 60 dní pracovat na koloniálních plantážích. Ostrov Java se tak stal ekonomicky soběstačný a svojí produkcí zachránil i Holandko od bankrotu. Produkce představovala pepř, více jak 1/3 světové produkce kaučuku, 1/4 kokosu a 1/5 čaje, cukru, kávy a oleje.
Když Francie okupovala Holandsko během Napoleonských válek, Britové osadili část Indonésie včetně ostrova Java. Holanďané získali zpět moc až v roce 1816 a smlouvu s Brity podepsali v roce 1824, kdy vyměnili vládu nad přístavem Malaka v Malajsii za území Bengkulu na Sumatře. Následovalo bezpočet bojů v letech 1821 až 1830. Tyto války si vyžádali na 8000 životů Evropanů, 7000 indonéských vojáků ve službách Holandska a na 200 000 obyvatel Javy. Hodně obětí zemřelo kvůli nemocím a hladomoru.
Na začátku dvacátého století Holanďané zavedli novou politiku, která vešla do dějin pod názvem "etické období". Ta představovalo zavádění zdravotních a vzdělávacích programů do společnosti. Nyní také Holanďané poprvé převzali kontrolu nad celým územím dnešní Indonésie. V roce 1928 vznikla Národní indonéská strana, PNI, která vyhlásila indonéštinu za jazyk národní jednoty, píseň Indonesia Raya za státní hymnu a za svůj symbol si zvolila červenobílou vlajku.
Příchozí Japonci během druhé světové války byli nejdříve vítáni jako osvoboditelé, ale tento postoj se brzo změnil. Po ukončení druhé světové války se Holanďanům nepodařilo nad Indonésii nadvládu obnovit. První prezident Sukarno vyhlásil nezávislou Indonésie dne 17.srpna 1945. Nezávislost ale museli Indonésané ještě vybojovat a teprve po ozbrojeném i diplomatickém zápase ji uznalo i Holandsko v prosinci 1949.