Věří se že území Malajsie bylo osídleno člověkem jako jedno z prvních míst a to již před 50 tisíci lety. Tak alespoň dokládají nálezy ve vápencových jeskyních Niah. Ve státě Kedah jsou nejstarší (300 n.l.) evidence nesoucí známky Hinduisticko-buddhistické civilizace. Území je pod střídavým vlivem Thajců, Indonésanů a část Malajského poloostrova byla i pod vládou Khmérů. Později se sem rozšiřuje islám.
Z Evropanů se na Malajském poloostrově usadili nejdříve Portugalci a to na území dnešního Malacca. Portugalci zde byli od roku 1509, v roce 1641 však byli vytlačeni Holanďany. Britové založili dva přístavy - Penang a Singapore. Později převzali moc i od Holanďanů a tak rokem 1920 ovládali malajský poloostrov. Za jejich panování se do této oblasti přesídlilo spousta Indů a Číňanů jenž nyní vytvářejí z Malajsie národnostně a nábožensky velice pestrou zemi.
Během WWII oblast obsadila japonská armáda. Proti okupantům se postavili malajští komunisté jenž po válce bojovali i proti Britům jenž založili Malajskou federaci. Malaya získala nezávislost v r.1957. Několik státečků společně se Singapurem se r. 1963 připojilo k federaci Malajsie. Singapur ovšem o dva roky později opět vystoupil.