Území dnešního Izraele bylo obýváno již v paleolitu, avšak teprve v neolitu začala být budována trvalá sídla. Za nejstarší město je považováno Jericho, ležící na západním břehu řeky Jordán. Až do 10. století př. n. l. vznikaly na tomto území pouze městské státy, které byly pod vlivem některé tehdejší velmoci. Prvním suverénním státem bylo až Izraelské království (cca 931–722 př. n. l.).
Po neúspěšném protiřímském povstání Bar Kochby v letech 132-135 n. l. a následujícím vyhnání Židů se židovská populace na území dnešního Izraele zmenšila, avšak úplně nikdy nezanikla.
Touto oblastí vedly důležité obchodní stezky, což vedlo k mnoha válečným konfliktům. Toto území postupně spadalo pod asyrskou, babylonskou, perskou, řeckou, římskou, sásánovskou, byzantskou a od 7. století pod islámskou nadvládu. Poté oblast ovládali Umajjovci, Abbásovci, křižáci a v roce 1260 byla připojena k mamlúckému sultanátu. Roku 1516 se stala součástí Osmanské říše, jíž zůstala až do 20. století.
Židé žijící mimo Palestinu odedávna usilovali o návrat. Persekuce Židů v Evropě, která začala ve 12. století a vyvrcholila jejich vyhnáním ze Španělska v roce 1492, vedla ke stálému proudu uprchlíků, kteří se usazovali ve Svaté zemi.
Duchovním otcem státu Izrael se stává Theodor Herzl (2. května 1860 – 3. července 1904), který vytvořil politický sionismus - hnutí, které usilovalo o založení židovského státu v Palestině.
V roce 1917 byla Palestina obsazena Brity, v roce 1919 pak bylo na Pařížské mírové konferenci území Palestiny svěřeno pod britskou správu, a vznikl tak protektorát Britský mandát Palestina. Obyvatelstvo protektorátu bylo v té době většinou arabské, avšak Jeruzalém byl již převážně židovský. Židovská imigrace pokračovala v letech (1919-1923) a (1924-1929), během kterých přišlo do Palestiny více než 100 tisíc Židů. Arabské nepokoje a povstání v Jaffě vedly k tomu, že Britové omezili židovskou imigraci a území pro budoucí židovský stát stanovili pouze na západ od řeky Jordán.
Vzestup nacismu v Evropě ve 30. letech vedl k páté vlně téměř čtvrt milionu Židů, který podnítil arabské násilnosti a povstání, při nichž Arabové zabrali značnou část protektorátu. Proto Spojené království změnilo politiku vůči židovskému přistěhovalectví a v roce 1939 v takzvané Bílé knize zavedlo kvóty pro židovské přistěhovalce.[44] Přes toto omezení však do Palestiny přijížděli uprchlíci v rámci ilegální aliji. Ke konci druhé světové války tvořili Židé v Palestině 33 % populace oproti 11 % v roce 1922
Po roce 1945 se vyostřil konflikt mezi Spojeným královstvím a Židy, kteří Brity obviňovali z neochoty plnit své závazky a stranění Arabům. Po sérii teroristických útoků na britské síly (např. útoku na hotel King David) se britská vláda v roce 1947 vzdala svého mandátu v Palestině. Nově vytvořená Organizace spojených národů (OSN) přijala 29. listopadu 1947 Plán OSN na rozdělení Palestiny, podle něhož se území mělo rozdělit na arabský a židovský stát a Jeruzalém měl zůstat pod mezinárodní správou OSN. Židé plán přijali, přestože 75 % území, které jim bylo přiřknuto, byla poušť, zatímco Liga arabských států a Vysoká arabská komise plán odmítly s odůvodněním, že porušuje „ustanovení Charty OSN, které dává národu právo na určení svého vlastního osudu“.
14. května 1948, den před ukončením Britského mandátu Palestina, byla vyhlášena nezávislost Státu Izrael. V době vzniku Izraele žilo na území někdejšího britského mandátu 1,2 miliónu Arabů a 650 tisíc Židů. Druhý den po vyhlášení nezávislosti armády pěti arabských států Izrael napadly, a rozpoutaly tak První arabsko-izraelskou válku. Po více než roce bojů bylo vyhlášeno příměří a stanoveny dočasné hranice, známé jako Zelená linie. Jordánsko anektovalo území Judeje a Samaří, známé spíše jako Západní břeh Jordánu, a Východní Jeruzalém. Egypt převzal kontrolu nad Pásmem Gazy. 11. května 1949 byl Izrael přijat do OSN. Podle odhadů OSN během této války opustilo zemi na 711 tisíc Arabů, tj. zhruba 80 % dřívější arabské populace[58] a osud těchto palestinských uprchlíků dodnes zatěžuje arabsko-izraelské vztahy.
Během deseti let (1948–1958) vzrostla populace Izraele z 800 tisíc na 2 miliony.
V roce 1956 vypukla Suezská krize, způsobená tím, že Egypt znárodnil Suezský průplav a uzavřel Tiranskou úžinu. Izrael se rozhodl spojit s Francií a Spojeným královstvím, zaútočil na Egypt a pokusil se získat zpět přístup k Rudému moři. Dobyl sice Sinajský poloostrov, pod diplomatickým tlakem USA a Sovětského svazu se však stáhl výměnou za právo plavit se v Rudém moři a průplavu.
Arabské státy považovaly Stát Izrael za nelegitimní a v roce 1964 vznikla Organizace pro osvobození Palestiny (OOP), jež deklarovala cíl „dosáhnout zničení Izraele“ a v jejíž Národní chartě se až do prosince 1998 uvádělo, že „ozbrojené povstání je jediný způsob jak osvobodit vlast.“ V roce 1967 shromáždili Egypt, Sýrie a Jordánsko svoje armády u hranic Izraele, Egypt vyzval k odchodu mírové jednotky OSN a opět zablokoval Izraeli přístup k Rudému moři. Tyto kroky Izrael chápal jako přípravu k válce a rozhodl, že sám udeří první. Šestidenní válka přinesla Izraeli rozhodující vítězství a zisk území Západního břehu, Pásma Gazy, Sinajského poloostrova, Golanských výšin a Východního Jeruzaléma.
V den židovského svátku Jom kipur,6. října 1973, překvapivě zaútočily Egypt a Sýrie na Izrael. Jomkipurská válka skončila 26. října konečným vítězstvím Izraele, který však zaznamenal těžké ztráty.
V roce 1979 byla podepsána Egyptsko-izraelskou mírová smlouva, podle níž se pak Izrael stáhl ze Sinajského poloostrova.
V roce 1987 vypukla tzv. první intifáda, arabské povstání proti izraelské přítomnosti v Pásmu Gazy a území západně od Jordánu. Během války v Zálivu v roce 1991 podporovala OOP a mnoho palestinských Arabů Saddáma Husajna a raketové útoky Iráku proti Izraeli.
V roce 1994 byla mezi Izraelem a Jordánskem podepsána Izraelsko-jordánská mírová smlouva.
Okupovaná území - za Izraelem okupovaná území se označují území Západního břehu Jordánu, Východního Jeruzaléma a Golanských výšin, která byla po Šestidenní válce v roce 1967 zabrána Egyptu, Jordánsku a Sýrii. Na všech těchto územích byly zakládány izraelské osady. Ve Východním Jeruzalémě a na Golanských výšinách je uplatňováno izraelské právo; tato území byla začleněna do vlastního Izraele a jejich občanům bylo nabídnuto izraelské občanství. Naopak Západní břeh zůstává pod vojenskou správou. Izrael tamní osady, ve kterých žije zhruba 450 tisíc Židů, stále rozšiřuje. Většina jednání o těchto územích probíhala na základě rezoluce Rady bezpečnosti OSN č. 242, která požaduje stažení Izraele z okupovaných území a jejich návrat arabským státům výměnou za mír.
Populace Západního břehu se skládá převážně z palestinských Arabů, jak původních obyvatel, tak uprchlíků Války za nezávislost z roku 1948. Od roku 1967 do roku 1993 žili Arabové na těchto územích pod izraelskou vojenskou správou. Od Dohod z Osla a Dopisů o vzájemném uznání je většina palestinské populace a měst pod správou tzv. Palestinské autonomie, avšak Izrael nad většinou území stále vykonává vojenský dohled. Kvůli vzrůstajícím sebevraženým útokům při Druhé intifádě (také nazývané Oslo válce) se izraelská vláda rozhodla vybudovat kolem Západního břehu zeď, tzv. bezpečnostní bariéru. V roce 2005 stáhl Izrael své obyvatele a vojenské síly z oblasti Pásma Gazy a čtyř osad na Západním břehu. Nadále toto území ovšem fakticky vojensky i ekonomicky kontroluje.