Baphuon byl vybudován jako vládní chrám za Udayadityavarman II v jeho novém městě a sloužil jako domov pro jeho královské linga. Šlo o v té době největší pyramidový chrám a znázorňoval touhu panovníka vybudovat větší dílo nežli jeho předchůdci.
Hinduistické písmo - Sanskrit říká, že chrám byl "zlatý chrám na zlaté hoře". Čínský historik Chou Ta-Kuan říkal, že centrální věž byla měděná. Tato věž byla 47m vysoká s měděným či pozlaceným povrchem. Dens již neexistuje. Nejzajímavější částí je lintel. V rytinách na stavbě je zaznamenáno mnoho příběhů z Mahabharata (hinduistická epická báseň napsaná mezi 400př.n.l. a 200n.l.) a Ramayana.
Sochařská ozdoba je pěkně provedená bez přílišných ozdob. Tento styl je více zdrženlivý nežli styl používán později. Západní zeď terasy v druhém patře byla ozdobena sochou Reclining Buddha jenž byla 40 metrů dlouhá. Dnes je jen slabě patrná hlava na severní straně. Francoužští památkáři opravují dnes již jediné zbylé tři terasy. Věž a galérie se nedochovaly. Chrám postavený na kopci se při sesuvu půdy také sesunul.
Chrám byl postaven v centru města, dnes se nachází asi 200m severozápadně od chrámu Bayon jenž byl středem pozdějšího města Angkor Thom.